Dalam perjalanan sejarahnya, Pulau Papua telah menjadi saksi bisu bagi perjuangan melawan penjajahan baik dari Belanda ataupun Jepang. Di bawah bayang-bayang kolonialisme yang mengakar kuat, rakyat Papua telah berjuang dengan tekad yang teguh untuk mengusir penjajah dan bergabung dengan Republik Indonesia.
Pada 1943, rakyat Papua melakukan perlawanan terhadap Jepang yang bernama. Gerakan Koreri adalah gerakan yang menjadi wujud kekecewaan rakyat Papua atas tindakan Jepang dengan basis perlawanan di Biak. Rakyat Papua tetap gigih melakukan perlawanan sampai akhirnya Jepang kewalahan dan hengkang dari Biak.
Perlawanan rakyat Papua terhadap Jepang juga meluas hingga ke Pulau Yapen Selatan. Dengan dipimpin oleh Nimrod, rakyat Papua terus berusaha memukul mundur pasukan Jepang dari Pulau Yapen. Ketika itu, Jepang juga terlibat dalam perang Asia Pasifik. Sekutu, yang mengetahui perlawanan rakyat Papua saat itu, turut membantu dengan menyuplai senjata.
Pada 1943, rakyat Papua melakukan perlawanan terhadap Jepang yang bernama. Gerakan Koreri adalah gerakan yang menjadi wujud kekecewaan rakyat Papua atas tindakan Jepang dengan basis perlawanan di Biak. Rakyat Papua tetap gigih melakukan perlawanan sampai akhirnya Jepang kewalahan dan hengkang dari Biak.
Dalam Konferensi Malino yang dihadiri oleh 26 tokoh yang diundang mewakili 15 daerah di luar Jawa dan Sumatera, Conica J. van Eechoud menunjuk Frans Kaisiepo untuk mewakili daerah lrian Jaya. Pada tanggal 18 Juli 1946 di hadapan para peserta Konferensi Malino, muncullah nama Irian yang diumumkan oleh Frans Kaisiepo sewaktu menyampaikan pidatonya.
Pada tanggal 14 Maret 1948 di Biak meletus pemberontakan rakyat Biak di bawah pimpinan Stefanus Yosef. Menghadapi perlawanan rakyat Biak itu pemerintah Kolonial Belanda kemudian mengancam akan menggempur habis-habisan rakyat Biak kalau para pemimpin pemberontakan tidak mau menyerah. Demi rakyat yang dibelanya terpaksa perlawanan dihentikan.
Operasi Trikora, juga dikenal sebagai Tri Komando Rakyat, adalah upaya yang dilakukan oleh Indonesia untuk membebaskan Irian Barat (Papua) dari kekuasaan Belanda. Pada tanggal 19 Desember 1961, Presiden Sukarno mengumumkan seruan operasi ini di Yogyakarta. Trikora bertujuan untuk menggabungkan Papua Barat dengan Indonesia, mengagalkan pembentukan negara boneka oleh Belanda, dan mengibarkan Sang Saka Merah Putih di Irian Barat sebagai bagian dari tanah air Indonesia .
Perjanjian New York adalah perjanjian yang diprakarsai oleh Amerika Serikat pada tahun 1962 untuk terjadinya pemindahan kekuasaan atas Papua Barat dari Belanda ke Indonesia. Perjanjian ini dilatarbelakangi oleh usaha Indonesia untuk merebut daerah Papua bagian barat dari tangan Belanda. Pada 15 Agustus 1962, perjanjian ini mengatur penyerahan Papua bagian barat dari Belanda melalui United Nations Temporary Executive Authority (UNTEA). Pada 1 Mei 1963, Papua bagian barat kembali ke Indonesia. Kedudukan Papua bagian barat menjadi lebih pasti setelah diadakan Penentuan Pendapat Rakyat (PEPERA) tahun 1969, di mana rakyat Papua bagian barat memilih tetap dalam lingkungan Republik Indonesia.